2006年，全行业烟草科技工作坚持中式卷烟发展方向，紧紧围绕培育中式卷烟代表品牌、提高中式卷烟核心竞争力这一中心任务，加强企业技术中心建设，开展一系列关键技术的研究、集成和推广，努力提高行业自主创新能力。召开全国烟草科技大会，制订颁布了《烟草行业中长期科技发展规划纲要（2006—2020年）》和《关于实施烟草科技发展规划纲要，增强行业自主创新能力的决定》，明确了烟草行业中长期科技发展的指导方针、基本原则以及行业创新体系建设目标和相关政策措施，资源节约型、环境友好型企业建设进一步受到重视，节约发展、清洁发展、安全发展更加深入人心。认真组织重大专项实施，积极推进烟草育种、卷烟调香、特色工艺、减害降焦四大战略课题和优质烟叶生产科技示范基地、烟叶种植区划等重点科技工作，建立了国家局调香技术人才培养基地，启动卷烟调香人才系统培养工作，发布实施了72项国家和行业标准。卷烟焦油量平均降至13.2毫克/支，比上年下降0.3毫克/支。中式卷烟制丝设备自主创新工作积极推进，行业“十五”重大技术装备项目10000支/分卷接机组、550包/分包装机组通过国家局组织的鉴定，总体技术水平达到国际先进水平。卷烟工业企业更加注重强化质量管理，积极运用现代信息技术实现对多点生产经营的实时监控，确保了扩张品牌在异地加工、多点生产条件下产品质量的一致和稳定。烟草经济研究和烟草科技学术交流活动取得新的成果，历时五年的《中国烟草通志》编纂工作全面完成并正式出版发行。行业信息化建设步伐进一步加快。制定和完善了信息化工作的有关标准和规范；卷烟生产经营决策管理系统稳定运行，并积极拓展在卷烟工业企业的应用；卷烟打码到条及订单采集系统项目全面实施；行业数据中心建设开始启动，推动各业务系统集成整合、信息共享；办公自动化系统应用更为广泛，网上审批系统在国家局和行业各直属单位之间开始试运行。行业统计工作服务能力不断提升，通过开展统计数据质量检查，促进了各单位更加重视统计基础工作和强化数据质量意识，“工商数据采集系统”数据清理核对工作有序开展，替代现有统计报表准备工作基本就绪。