2006年，按照年初加强行业内部管理监督电视电话会议作出的部署，全行业全面开展以专卖管理监督和同级审计监督为主要内容的“两项检查”工作。国家局加大对开展“两项检查”工作的督导力度。在自查复查阶段，多次召开会议听取行业各直属单位开展“两项检查”工作的专题汇报，认真分析存在的问题，总结和推广试点单位好的做法和经验，对扎实有效地搞好“两项检查”工作提出明确的目标要求。在重点抽查阶段，制定标准统一、规范的抽查工作方案，从全行业抽调人员进行集中培训后组成检查组，分期分批对各单位开展“两项检查”工作的情况进行重点抽查，对已抽查的单位进行讲评，确保“两项检查”工作取得实效。同级审计派出42个审计组，对所有省级工业公司及其所属工业企业和生产点、22个省级局（公司）及其近三分之一的地市级公司进行了行业内部审计。各单位对加强内部管理监督工作的认识进一步提高，自觉性、主动性增强，主要负责同志亲自抓，充实专卖管理和审计队伍力量，专卖、审计、整顿办、纪检监察等部门形成合力，认真履行职能，重点查找“两烟”生产经营、财务管理、资金管理等方面存在的问题，制定切实有效措施，依法依规进行整改，建立健全各项制度，推进了内部管理监督工作的制度化、规范化。在开展“两项检查”工作的同时，纪检监察部门加大对违规违纪案件的查处力度，严肃处理了一批前整后犯、顶风违纪的案件，使加强内部管理监督与构建行业惩治和预防腐败体系紧密结合起来。为进一步规范烟叶经营流通秩序，国家局以烟叶合同的签订和执行为主线，对种植合同的签订、移栽后的实际种植面积和按合同收购、调拨、加工烟叶等情况进行了重点检查，有效防止和减少了烟叶流通领域各类不规范问题的发生。为切实加强监管、堵塞漏洞，国家局组织调研组对行业重大工程项目、广告费支出、大宗物资采购情况专门开展调研，针对存在的问题和薄弱环节，积极提出措施和建议，为下一步制定具体措施、加强监管奠定了基础。