三峡工程的修建，使重庆烟草行业的23户独立核算企业不同程度受到影响，其中全淹没企业5个，受淹面积达23.5万平方米，淹没固定资产原值10905万元。为了搞好行业内三峡移民迁建工作，重庆市局和各移民迁建单位都成立了相应的领导班子和办事机构，从组织上保证了移民迁建工作正常开展。移民迁建项目实行项目法人制，总体上做到了决策民主化、科学化；普遍实行工程建设监理制和项目招标制；加强施工现场管理，及时发现和纠正质量隐患；对行业移民补贴资金划拨实行“一申请三审核”的管理程序，做到专款专用。

到7月底，全市行业45个移民迁建项目中有36个已经竣工，竣工房屋总面积25.43万平方米，大多数为优良工程。目前，尚有3个项目正处于收尾阶段，已累计完成投资1602万元，预计年底可以全部完工。另有待建项目6个，已落实资金1000多万元。