综合运用环境科学技术和现代农业技术，最大限度地限制外源污染物进入烟叶生产过程，在实现优质、低成本的同时，保证烟叶的质量安全性满足无公害产品要求，对生产无污染、安全、优质烟叶，改善农业生态环境，控制农业生产对环境的不良影响，实现烟叶生产资源、环境、社会的协调发展具有重要意义。

重点研究有机肥吸收机理及其与烟叶质量、重金属的关系；烟叶农残降解和转化规律；烟叶重金属转移规律；生物农药的研制和生防模式应用技术；无公害烟叶生产环境；无公害烟叶评价体系；无公害烟叶综合生产技术集成与推广等。

通过专项实施，建立无公害烟叶产品标准、产地环境标准和生产技术标准体系。到2010年，无公害烟叶种植面积占全国种植面积的30%；到2020年，无公害烟叶种植面积占全国种植面积达到60%以上。