烟叶是卷烟生产的基础，降低烟叶有害成分及其前体物质是卷烟降焦减害的基础。通过选育高香气、低有害成分的烟草新品种并进行大面积推广，生产高香气、低危害烟叶是降低卷烟有害成分的最经济、最有效的手段。对降低卷烟危害，促进中式卷烟发展，应对吸烟与健康的挑战具有重要意义。

重点研究高香气、低危害烟草种质资源筛选和评价；主要有害成分及有关化学成分的遗传规律；主要致香物质和有害成分合成及代谢的相关基因；不同烟草类型、品种致香物质的差异和特性；综合运用多种育种手段选育高香气、低烟草特有亚硝胺、酚类和稠环芳烃等有害成分或其前体物的烟草新品种；高香气、低危害烟草新品种的综合评价。

通过专项实施，至2010年，揭示烟草主要致香物质、烟草酚类、烟草特有亚硝胺、多环芳烃等有害成分的遗传机理，培育2个以上高香气、低危害烟草新品系；至2020年，培育3个以上高香气、低危害新品种。